Cara Mendokumentasikan Analisis R Anda dengan Lancar dengan R Markdown

Cara Mendokumentasikan Analisis R Anda Dengan Lancar Dengan R Markdown



Dengan format R Markdown yang serba boleh, anda boleh memasukkan teks, kod R boleh laku dan hasilnya ke dalam satu fail dengan mudah. Berbilang format output statik dan dinamik seperti PDF (.pdf), Word (.docx) dan HTML (.html), boleh ditukar dengan mudah daripada fail ini. Fail R Markdown yang ditulis dengan baik mempunyai faedah untuk dihasilkan semula. Ini juga membayangkan bahawa anda boleh membina semula kertas itu tanpa mengubah fail sebenar jika anda menemui isu transkripsi data atau mempunyai keupayaan untuk menambah maklumat baharu pada penyelidikan. Memandangkan RStudio sudah mempunyai pakej penurunan nilai R terbina dalam, tiada pra-langkah diperlukan untuk pemasangannya.

Kod Ujian

Sebelum memulakan dengan R Markdown, pastikan anda telah memasang R dalam sistem anda. Seiring dengan itu, RStudio harus dilancarkan pada masa ini. Mula-mula, kami mencipta skrip untuk set data yang kami gunakan dalam fail R Markdown.

Kami mengimport perpustakaan 'set data' daripada R dalam kawasan kod sumber. Set data terbina dalam boleh diambil menggunakan pustaka ini. Jadi, set data bernama 'AirPassengers' diambil menggunakan fungsi 'data' dan diringkaskan menggunakan fungsi 'ringkasan'.







Pada akhirnya, fungsi plot() digunakan pada dataset ini untuk mendapatkan paparan graf/plot bagi dataset tertentu. Selepas menjalankan kod ini, kami mendapat ringkasan set data ini yang dipaparkan pada konsol.



perpustakaan ( set data )

data ( 'Penumpang Udara' )

ringkasan ( AirPassengers )

plot ( AirPassengers )



Di anak tetingkap kanan RStudio, anda juga boleh melihat plot untuk dataset AirPassengers muncul. Sekarang, kami menggunakan kod ini dalam dokumen R Markdown kami.





Bermula dengan R MarkDown dalam RStudio

Untuk memulakan fail R Markdown, anda perlu menggunakan menu 'Fail' dari tetingkap kiri atas RStudio. Ketik padanya dan kembangkan pilihan 'Fail Baharu' yang tersedia. Dalam pilihan 'Fail Baharu', anda boleh menemui pilihan 'R Markdown' disenaraikan. Ketik padanya untuk membuat satu.



Tetingkap “R Markdown Baharu” baharu akan muncul pada skrin RStudio anda. Memandangkan kami ingin mencipta dokumen R Markdown, kami perlu memilih 'Dokumen' dari anak tetingkap kiri. Sekarang, anda boleh menamakan dokumen anda menggunakan medan 'Tajuk'; kami menamakannya 'Ujian'.

Selain itu, anda boleh memberikan nama anda sebagai pengarang dokumen ini, iaitu 'John'. Dalam medan terakhir, anda mesti memberikan tarikh apabila anda mencipta dokumen R Markdown. Anda juga boleh menggunakan kotak semak untuk memaparkan tarikh dokumen setiap kali anda mengemas kininya.

Sekarang, anda perlu memilih format output lalai fail anda, iaitu html, pdf atau Word. Dalam kes kami, kami memilih 'HTML' sebagai format output lalai untuk fail. Ketik butang 'OK' untuk terus membuat sampel fail R Markdown. Anda juga boleh menggunakan butang 'Buat Dokumen Kosong' untuk mencipta fail Markdown kosong.

Tukar kepada Mod Visual untuk Mengedit

Fail R Markdown sampel dibuka di kawasan Sumber RStudio. Kini, anda boleh mengedit sampel fail Markdown ini mengikut keperluan anda. Fail sampel Markdown ini dibahagikan kepada tiga bahagian. Bahagian yang bermula dan berakhir dengan '—' dipanggil 'Pengepala' fail Markdown. Ia termasuk maklumat yang anda berikan semasa anda mula membuat sampel fail penurunan nilai, iaitu tajuk, pengarang, tarikh dan format output.

Bahagian '## R Markdown', termasuk baris teks, ialah blok 'teks' fail markdown ini. Anda juga boleh mengemas kini dan meletakkan teks anda padanya. '## R Markdown' ialah tajuk yang juga boleh dikemas kini. Bahagian seterusnya yang bermula dengan tiga simbol ''`' menandakan bahagian 'Kod Chunk' yang khusus untuk menambah coretan kod. Bahagian pengekodan juga boleh disertakan dengan bahagian 'plot' yang khusus untuk menghasilkan graf melalui kod.

Kami beralih kepada mod 'Visual' fail R Markdown menggunakan butang 'Visual' dari bar tugas tetingkap RStudio yang dibuka. Tetingkap yang baru dibuka memberi anda beberapa arahan tentang bergerak dalam mod Visual. Ketik butang 'Gunakan Mod Visual' untuk membuka mod visual.

Edit Fail Contoh

Kini, mod 'Visual' pengeditan untuk fail sampel R Markdown dilancarkan. Anda boleh memformat, memasukkan dan mengedit keseluruhan fail menggunakan menu yang disediakan dalam bar tugas. Sebagai contoh, kami tidak mengemas kini bahagian Pengepala tetapi kami menggantikan tajuk Pengepala untuk blok 'Teks' dan 'Plot'. Gantikan teks sampel dengan teks baharu dan sediakan kod baharu dalam kawasan kod. Kami juga mengemas kini blok 'Plot' fail ini ke sisi.

Simpan Fail

Sekarang, gunakan butang 'Knit' yang disediakan di bar tugas RStudio untuk menjana dokumen.

Sekarang, RStudio akan meminta anda untuk lokasi dan nama fail Markdown baharu yang akan anda simpan. Jenis fail R Markdown ialah '.Rmd' secara lalai. Kami menamakannya sebagai 'ujian' mengikut imej berikut dan menyimpannya ke pemacu 'D' melalui butang 'Simpan':

Selepas menyimpan fail R Markdown anda yang baru dijana, RStudio mungkin terlibat dalam sedikit pemprosesan untuk memaparkan dokumen. Sebelum itu, ia mungkin meminta anda memulakan sesi baharu dengan memunculkan tetingkap berikut. Ketik pada 'Mulakan Sesi Baharu' untuk meneruskan:

Semak Dokumen Markdown

Selepas beberapa ketika, RStudio memulakan sesi baharunya bersama-sama dengan pembukaan dokumen R Markdown yang baru dibuat dalam tetingkap berasingan melalui RStudio. Fail itu mengandungi blok 'Header' dengan tajuk fail sebagai 'Ujian' diikuti dengan nama pengarang dan tarikh penciptaan. Kod dan blok plot menunjukkan 100 peratus output yang sama yang dipaparkan dalam output kod 'Ujian'.

Kesimpulan

Panduan ini menyediakan demonstrasi terbaik menggunakan bahasa R untuk mencipta dokumen melalui R Markdown. Bermula dengan menyediakan dokumen, kami menerangkan cara mengedit, menyimpan dan membuka fail R Markdown yang baru dijana dan lihat pada blok pengepalanya, blok teks, blok ketulan kod dan blok plot.